Sacra di San Michele
Secondo alcuni storici, già in epoca romana esisteva, nel luogo dove sorge ora l'abbazia, un presidio militare che controllava la strada verso le Gallie. Successivamente anche i Longobardi installarono un presidio che fungesse da baluardo contro le invasioni dei Franchi.
Le fasi iniziali della nascita della Sacra di San Michele sono incerte e avvolte in un'alternanza di storia e racconti leggendari. Lo storico più antico fu un monaco Guglielmo, vissuto proprio in quel cenobio e che, intorno alla fine del XI secolo, scrisse il Chronicon Coenobii Sancti Michaelis de Clusa. In questo scritto, la data di fondazione della Sacra è indicata nel 966, ma lo stesso monaco, in un altro passo della sua opera, afferma che la costruzione iniziò sotto il pontificato di papa Silvestro II (999 - 1003), in precedenza abate dell'abbazia di San Colombano di Bobbio.
Per quanto concerne la data di fondazione, alcuni studiosi sono orientati ad identificare negli anni 999-1002 il periodo in cui nacque questa abbazia, mentre per altri la data di fondazione dovrebbe essere anticipata agli anni 983-987. In sostanza quindi l'origine vera e propria della costruzione risale al tempo in cui visse Giovanni Vincenzo, tra la fine del X e l'inizio dell'XI secolo.
Accanto al sacello più antico, Giovanni Vincenzo ne realizzò un altro che è l'ambiente centrale della cripta. Gli studiosi tendono ad attribuire questo ambiente a Giovanni Vincenzo in quanto le nicchie, gli archetti e le colonnine richiamano motivi analoghi propri dell'architettura bizantina, e l'eremita probabilmente soggiornò nella città di Ravenna o in una qualche diocesi del ravennate. Nei decenni successivi fu costruito un piccolo cenobio che ospitava pochi monaci e poteva accogliere qualche pellegrino. Questa costruzione è dovuta alla magnanimità e alla fede di Ugo di Montboissier.
Interno dell'abbazia
Scalone dei morti
Nei decenni successivi, la struttura dell'abbazia, affidata ai Benedettini, si sviluppò progressivamente dando asilo ai pellegrini e protezione alle popolazioni della zona. Nel XI secolo fu infatti costruito l'edificio della foresteria, staccato dal monastero, e in grado di accogliere i numerosi pellegrini che, percorrendo la via Francigena, vi salivano per trovare ristoro fisico e spirituale. Un grande impulso fu dato dall'abate Adverto di Lezat (diocesi di Tolosa) chiamato da Ugo di Montboissier a dirigere il primo cenobio. Probabilmente l'architetto Guglielmo da Volpiano realizzò il progetto della chiesa posta sopra le tre preesistenti. Il periodo interessato da questo sviluppo è compreso tra il 1015 e il 1035.